De provincie stelt de ecologische doelen voor het regionale oppervlaktewater vast (in het kader van de KRW, de Kaderrichtlijn Water) en draagt bij aan een goede kwalitatieve toestand van oppervlaktewater. Deze bijdrage betreft vooral het ‘KRW-proof’ maken van de eigen provinciale vaarwegen (aanleg vispassages en natuurvriendelijke oevers). Maar wij werken ook breder aan de kwaliteit van het oppervlaktewater in de provincie. Bijvoorbeeld door deelname - samen met onder andere de waterschappen - aan het op agrarische bedrijven gerichte programma Bodem en Water, deelname aan het Landelijk Milieuoverleg Bloembollen (LMB), het uitvoeren van vismigratieonderzoek in het Noordzeekanaalgebied en inzet van het POP3-instrument voor de financiering van projecten die gericht zijn op waterkwaliteitsverbetering.
De provincie is verantwoordelijk voor de aanwijzing van zwemwater, de beoordeling van de veiligheid en het informeren van het publiek. De waterbeheerder is verantwoordelijk voor de kwaliteit van het zwemwater en de locatiehouder (vaak een gemeente of recreatieschap) beheert de zwemlocatie.
De provincie draagt er samen met het Rijk en de waterbeheerders aan bij dat er voldoende zoet water is voor verschillende functies zoals landbouw, natuur en recreatie. In het kader van het Deltaprogramma Zoetwater zijn hiertoe per zoetwaterregio bestuursovereenkomsten afgesloten; Noord-Holland maakt deel uit van de zoetwaterregio’s West-Nederland en IJsselmeergebied. De provincie doet samen met de waterbeheerders onderzoek naar de beschikbaarheid van zoet water onder normale en droge omstandigheden, naar de maatregelen die de overheid in dit kader kan nemen en wat de gebruikers zelf kunnen doen. Wat dat laatste betreft kan gedacht worden aan waterbesparing en waterbuffering op bedrijfsniveau. Gebruikers worden gestimuleerd tot het nemen van maatregelen, onder andere door middel van het eerdergenoemde programma Bodem en Water.
De provincie draagt bij aan het beperken van wateroverlast. De actuele opgave, gebaseerd op de klimaatscenario’s 2006, is bijna geheel gerealiseerd, mede doordat de provincie deze heeft gekoppeld aan andere gebiedsontwikkelingen. De nieuwe wateroverlastopgave, berekend op basis van nieuwe klimaatscenario’s, wordt  meegenomen in het Deltaprogramma Ruimtelijke Adaptatie. In de (ontwerp) Omgevingsvisie is de ambitie opgenomen om Noord-Holland zo klimaatbestendig en waterrobuust mogelijk in te richten in 2050.
Kwaliteit oppervlaktewater: aanleg natuurvriendelijke oevers in provinciale vaarwegen
Natuurvriendelijke oevers verbeteren de ecologische kwaliteit van het water. Volgens planning zal in 2019 13 km natuurvriendelijke oever (nvo) worden aangelegd in de Schermerringvaart, de Huigenvaart en Beverkoog. Dit is een onderdeel van de ‘Kansenkaart natuurvriendelijke oevers in provinciale vaarwegen’ die in 2017 is opgesteld. Bij het inventariseren van kansen voor nvo’s wordt onder meer bekeken of er ruimte is voor de aanleg van (vis)steigers, zonder de functie van nvo’s voor natuur en waterkwaliteit geweld aan te doen.
Kwaliteit oppervlaktewater: vismigratieonderzoek Noordzeekanaalgebied
Volgens planning zal dit onderzoek in 2019/2020 worden afgerond. De waterbeheerders Rijkswaterstaat, HHNK, AGV en Rijnland, de provincie Noord-Holland en de gemeente Amsterdam werken samen om de vismigratieknelpunten in het Noordzeekanaalgebied in kaart te brengen. Zowel voor trekvis als voor zoetwatervis. Dit onderzoek is nodig om verbetermaatregelen te kunnen treffen en om vast te kunnen stellen wat het effect is van de aanleg van de nieuwe zeesluis in IJmuiden, opdat zo nodig mitigerende maatregelen kunnen worden ontwikkeld.
Zwemwater
Gedeputeerde Staten hebben circa 150 zwemplekken aangewezen. Deze worden periodiek gecontroleerd en hierover wordt publieksinformatie verstrekt. De provincie heeft een subsidieregeling voor waterbeheerders en locatiehouders die hen stimuleert om maatregelen te treffen om te zwemwaterkwaliteit te verbeteren. Deze regeling zal ook in 2019 worden opengesteld.
Zoetwater
Er worden gebiedsprocessen ten behoeve van waterbeschikbaarheid uitgevoerd in de urgente verziltingsgevoelige gebieden. Dit is uiterlijk in 2021 gerealiseerd. Ook wordt waterbeschikbaarheid meegenomen in lopende gebiedsprocessen. In vijf urgente gebieden is een gebiedsproces afgerond of in uitvoering. Daarnaast is in nog eens vijf lopende gebiedsprocessen waterbeschikbaarheid meegenomen. Verder zijn diverse waterbesparende projecten uitgevoerd, zoals de pilot bovengrondse waterberging op Texel, of in uitvoering.
Wateroverlast
De actuele opgave zal in 2018 voor het beheergebied van Waterschap HHNK geheel gerealiseerd zijn. De waterschappen Rijnland en AGV kennen nog een kleine restopgave die de komende jaren opgelost zal worden.
In de (ontwerp) Omgevingsvisie is opgenomen dat een klimaatstresstest voorwaarde is voor alle ruimtelijke (her)ontwikkelingen. Daarbij is wateroverlast een van de criteria