Over de uitvoering van zijn rijkstaken is de commissaris van de Koning verantwoording verschuldigd aan de Minister van BZK.
Bij de afhandeling van verzoeken van inwoners aan de commissaris van de Koning om bemiddeling wordt standaard gebruik gemaakt van de methodiek van hoor en wederhoor.
Voor de advisering over Koninklijke onderscheidingen wordt gewerkt met een digitaal systeem (Daisy), waar gemeenten, provincies en Rijk gezamenlijk gebruik van maken. 
In geval van een bestuurlijke integriteitskwestie kan de commissaris van de Koning besluiten tot een zelfstandig integriteitsonderzoek.
Vanaf 2019 zal de nieuw te benoemen commissaris van de Koning in het kader van zijn kennismaking met de provincie Noord-Holland ambtsbezoeken brengen aan alle gemeenten in Noord-Holland.
Voorts zullen er met alle burgemeesters en dijkgraven in Noord-Holland kennismakingsgesprekken gehouden worden.