De Waddenzee is het grootste Nederlandse Natura 2000-gebied, dat vraagt om een zorgvuldige bescherming en ontwikkeling van de aanwezige natuurwaarden. Tegelijkertijd is het belangrijk dat het Waddengebied een vitaal gebied blijft, met voldoende economische kansen voor de mensen die er wonen, werken en ontspannen. Wij streven daarom naar een goede balans tussen ecologie en economie in het Waddengebied. Dit doen wij niet alleen, maar samen met een groot aantal partners zoals het Rijk, beheerorganisaties zoals Rijkswaterstaat en natuurbeherende organisaties, gemeenten, waterschappen en maatschappelijke organisaties. Zo werken wij met hen aan het Programma ‘Naar een rijke Waddenzee’, aan onderzoek en vergunningverlening voor activiteiten die de gehele Waddenzee betreffen, en aan de totstandkoming van een gebiedsagenda van het Rijk voor de Waddenzee.
Samen met de provincies Fryslân en Groningen beheren wij het Waddenfonds, dat ditzelfde doel dient. Om de middelen in het Waddenfonds effectief en efficiënt te besteden hebben Provinciale Staten van de drie Waddenprovincies eind 2016 het Investeringskader Waddengebied vastgesteld, dat zes majeure opgaven definieert: 1) Waddenzee, 2) Havenontwikkeling en natuurverbetering, 3) Het versterken en vermarkten van werelderfgoed, 4) Vitale kust en Afsluitdijk, 5) Eems-Dollardgebied in balans en 6) Eilanden op eigen kracht. Een groot deel van de benodigde financiering komt uit het Waddenfonds. Daarnaast stelt het Waddenfonds jaarlijks geld beschikbaar voor projecten naast deze zes majeure opgaven. Aanvullend op de middelen in het Waddenfonds cofinancieren wij kansrijke projecten via de Reserve Cofinanciering Waddenzee.